Pr Philippe DEVILLIER
Publication Commentée
Dhondalay GK, Rael E, Acharya S et al. Food allergy and omics. J Allergy Clin Immunol 2018; 141: 20-9.
Voir l'articleVéritable enjeu de santé publique, l’allergie alimentaire (AA) voit sa prévalence augmenter depuis quelques années, les derniers chiffres estimant que près de 5 % des adultes et 8 % des enfants en souffrent. Cette prévalence croissante associée à l’impact de l’AA sur la qualité de vie des patients et de leur entourage soulignent donc la nécessité de développer des méthodes performantes, notamment en termes de diagnostic, prévention et traitement. À ce titre, les avancées technologiques ont donné naissance aux sciences de l’« omique », qui permettent une investigation plus systématique des problèmes biologiques. Avec la diffusion de ces technologies, il est désormais possible d’étudier, caractériser et quantifier simultanément un grand nombre de composants à partir d’un seul échantillon biologique, afin de comprendre leurs interactions et leurs relations. Cette revue fournit donc un aperçu des technologies les plus fréquemment utilisées, notamment pour la recherche dans le domaine de l’AA.
Les technologies « omiques » permettent de générer de grandes quantités d’informations à des niveaux biologiques multiples : du séquençage des gènes à l’expression des protéines, l’exploration du métabolisme, en passant par l’analyse de l’environnement extérieur et du microbiote.
Le tableau ci-dessous présente ces différentes technologiques et leurs apports dans le domaine de l’allergie, notamment l’AA.
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Technique « omique » |
Définition |
Apport(s) dans le domaine de l’allergie |
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Génomique |
Étude des gènes (localisation chromosomique, polymorphismes…) |
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Épigénomique |
Étude des changements réversibles épigénétiques qui affectent l’expression des gènes sans modifier la séquence d’ADN |
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Transcriptomique |
Caractérisation des ARNs issus de la transcription (expression) des gènes |
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Protéomique |
Analyse des protéines, à l’échelon cellulaire ou tissulaire, et de leur variation en fonction de la maturation des ARNs et des modifications post-traductionnelles |
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Métabolomique |
Identification, caractérisation et quantification des produits du métabolisme (composés de faible poids moléculaires) |
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Microbiomique |
Analyse de l’identité, de la fréquence et de l’activité des microorganismes pouvant influencer la biologie de l’hôte |
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Exposomique |
Analyse des expositions externes non génétiques (stress, style de vie, exposition aux médicaments, pollution…) pouvant influer sur la survenue de maladie |
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La transcriptomique, l’épigénétique, la protéomique et la métabolomique font partie de la génomique fonctionnelle car ce sont des approches complémentaires du fonctionnement des gènes. Ces nouvelles technologies semblent donc prometteuses et pourraient permettre, à terme, de découvrir des biomarqueurs (pronostiques ou diagnostiques) ou des cibles thérapeutiques pour améliorer la prise en charge des maladies allergiques en général.
L’utilisation des technologies « omiques » a explosé avec le développement de techniques d’analyse de dernière génération, telles que les puces à ADN ou les études pangénomiques (sur l’ensemble des gènes d’un même individu), et donnent accès aux différents composants du vivant. Cependant, la masse de données produites génèrent des difficultés en termes de stockage et de protection, mais également concernant l’extraction d’informations pertinentes. Des progrès sont donc attendus dans les domaines techniques et informatiques afin d’optimiser l’analyse et l’utilisation de ces données, avant la mise en place d’essais cliniques et l’utilisation de ces techniques pour l’amélioration de la prise en charge des patients (médecines prédictive et personnalisée).
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